Software může provádět i nezamýšlenou činnost a v takovém případě hovoříme buď o programátorské chybě nebo o počítačových virech, malware, spyware, trojských koních a podobném nežádoucím software. Důvodem existence nežádoucího software jsou zlé nebo nečestné úmysly jejích tvůrců, kteří zneužívají chyb ostatních software (webový prohlížeč, e-mailový klient, ale i v operačním systému a jinde) nebo neznalosti obsluhy počítače (viz sociální inženýrství). Běžný uživatel počítače obvykle nemá dostatečné technické znalosti, aby takový software rozeznal nebo dokonce zabránil v jeho činnosti. Proto existují antivirové programy, antispyware a další programy, které leží na pomezí aplikačního a systémového software a pokouší se činnost nežádoucího software eliminovat.